在特定情况下，尤其是发展中国家成员和少数成员为了特殊利益的需要，可以对最惠国待遇提出例外请求，经世界贸易组织许可后，暂时背离最惠国待遇原则。这就形成了最惠国待遇的例外。

1．历史性安排

历史性安排主要体现在《1994年关贸总协定》第1条第2、3、4款之中，即《1994年关贸总协定》附件一至附件六所列国家和关税领土之间实施的优惠待遇。具体指：

（1）英联邦内的特惠安排；

（2）法兰西联邦内的特惠安排；

（3）美国与其海外领土之间的特惠安排；

（4) 比、荷、卢关税同盟及其联系国之间的特惠安排；

（5）智利与阿根廷、玻利维亚和秘鲁之间的优惠安排；

（6）黎巴嫩、叙利亚与巴基斯坦和外约旦之间的优惠安排。

这些安排属于从《1947年关贸总协定》继承下来的既有规定，现大部分已失去意义或改变了原来的性质。

2．发达国家对发展中国家提供的单方面优惠

（1）普惠制──根据 1979年 11月28日关贸总协定缔约方全体大会《关于差别和更优惠的待遇、互惠及发展中国家的进一步参与》的决定，发达国家向发展中国家提供普惠制下的优惠安排有了相对长期的稳定的法律依据。发达国家根据普惠制实行单方面的自由贸易安排，对于原产于发展中国家和地区的工业制成品和半成品给予普遍的非歧视性的、非互惠的优惠关税待遇。允许来自发展中国家的所有工业品和部分农产品适用更优惠的税率和免税待遇安排。

（2）《洛美协定》──欧盟成员国允许一些来自非洲和加勒比海地区及太平洋地区的最不发达国家（非加太国家）的进口货物免税进入欧盟市场。

（3）加勒比海盆地安排──美国允许免税进口来自加勒比海地区国家的货物。

此外，发达国家还在非关税措施方面给予发展中国家更为优惠的差别待遇，并允许发展中国家之间实行优惠关税而不给予发达国家。

3．区域安排

《1994年关贸总协定》第24条主要规定各种区域安排。关贸总协定认识到区域贸易协定下成员方可以在优惠的基础上削减关税和其他贸易壁垒。区域安排使得成员方间贸易所适用的更低或免税的税率并不需要扩展至关贸总协定的其他成员方。因此，区域优惠安排就构成了对最惠国待遇规则的一项重要例外。为了保护非区域安排成员方的贸易利益，关贸总协定对建立区域优惠安排限定了严格的条件。这些条件规定：

（l）区域安排的成员方必须消除影响他们之间几乎所有贸易的关税和其他壁垒；

（2）这种区域优惠安排不应导致对其他成员方实施新的贸易壁垒。

上述安排可采取关税同盟或自由贸易区的形式。在这两种形式下，区域安排成员方间的贸易是免税的，与区域外的关贸总协定成员方间的贸易则继续适用最惠国待遇税率。如欧盟内部成员方零关税待遇可不给予美国、加拿大等国家。在关税同盟国家与区外成员方的贸易中，对从区外进口的货物采取统一的税率。在自由贸易区内，成员方继续使用各自国别减让表中所载明的未经协调的关税税率。

此外，关贸总协定区域优惠安排还允许边境贸易优惠安排，即在指定的边境区域一定范围内，相邻国家之间相互给予的各种优惠待遇，可以不对关贸总协定其他成员方提供。

4．一般例外

《1994年关贸总协定》规定一成员方为保障动植物及人民的生命、健康、安全或一些特定目的对进出口采取的所有措施可以享受例外。根据《1994 年关贸总协定》第20条的规定，为维护公共道德所必须的措施；为保护专利权、商标及版权，以及防止欺诈行为等可以采取必要的措施均在其列。另外，《实施卫生与动植物检疫措施协议》也规定，出口成员方客观地向进口成员方表明他所采取的动植物卫生检疫措施达到了进口成员方适当的动植物卫生检疫保护水平，即使这些措施不同于进口成员方自己的措施，或不同于从事同一产品贸易其他成员方所采取的措施，各成员方也应平等地接受其他成员方的动植物卫生检疫措施。该协议第 10条规定，根据发展中国家成员方的要求，并视其财政贸易和发展的需要，允许这些国家对于有关义务的全部或部分享有具体和有时限的例外。

5．国家安全例外

《1994年关贸总协定》第21条是安全例外条款，根据安全例外条款，当一国的国家安全受到威胁时，可不履行世界贸易组织最惠国待遇的义务。如美国对南斯拉夫联盟的经济制裁，使南联盟不能享受美国给予的最惠国待遇。

6.关贸总协定允许采取的其他措施

其他措施主要包括反补贴、反倾销及在争端解决机制授权下采取的报复措施。有关措施的实施可以使有关国家在一定情况下背离《1994年关贸总协定》第1条最惠国待遇的原则规定。如1999年4月下旬，世界贸易组织授权美国可以对欧盟的少数产品中止给予最惠国待遇关税。

7.不属世界贸易组织管辖范围的诸边贸易协议中的义务

主要指在政府采购、民用航空器贸易等方面，世界贸易组织成员方间彼此可不给予最惠国待遇。